Le ricerche dello IAI sono organizzate attorno a filoni tematici, ma senza una rigida suddivisione, proprio in omaggio al criterio dell’interdisciplinarietà che richiede ai ricercatori una capacità di analisi interdisciplinare delle vicende internazionali e delle loro implicazioni per l’Europa e l’Italia:
 | Ue, politica e istituzioni Responsabile di programma: Nicoletta Pirozzi Team di ricerca: Luca Barana, Matteo Bonomi, Federico Castiglioni, Luca Cinciripini, Nona Mikhelidze; Cornelius Adebahr, Eleonora Poli, Bernardo Venturi (ricercatori associati); Ferdinando Nelli Feroci (consigliere scientifico) Progetti in corso I progetti conclusi includono anche studi su Balcani, Caucaso, Turchia, Ucraina |
 | Attori globali Responsabile di programma: Riccardo Alcaro Team di ricerca: Luca Barana, Beatrice Gallelli, Aurelio Insisa, Francesca Maremonti, Nona Mikhelidze; Gabriele Abbondanza, Tiziano Breda, Nicola Casarini, Dario Cristiani, Diego Maiorano, Giulio Pugliese (ricercatori associati) I progetti in corso includono studi su: Americhe, Asia, Russia |
 | Mediterraneo, Medioriente e Africa Responsabile di programma: Maria Luisa Fantappiè Team di ricerca: Luca Barana, Vladimir Blaiotta, Alessia Chiriatti, Akram Ezzamouri, Ettore Greco, Darlington Tshuma; Silvia Colombo, Bernardo Venturi, Francesco Vigneri (ricercatori associati); Daniela Huber (consigliere scientifico) Progetti in corso I progetti in corso includono anche studi sull'Africa |
 | Difesa, sicurezza e spazio Responsabile di programma: Alessandro Marrone Team di ricerca: Elio Calcagno, Federica Di Camillo, Andrea Grillo, Nicolò Murgia, Karolina Muti, Michele Nones, Gaia Ravazzolo, Paola Tessari; Vincenzo Camporini, Pietro Serino, Stefano Silvestri (consiglieri scientifici) I progetti in corso includono studi su: difesa, sicurezza, spazio |
 | Energia, clima e risorse Responsabile di programma: Margherita Bianchi Team di ricerca: Luca Cinciripini, Lorenzo Colantoni, Pier Paolo Raimondi, Alessio Sangiorgio; Pietro Rinaldi; Nicolò Sartori (ricercatore associato); Marco Giuli, Luca Franza (consiglieri scientifici) Progetti in corso |
 | Multilateralismo e governance globale Responsabile di programma: Ettore Greco Team di ricerca: Matteo Bursi, Ludovica Castelli, Marianna Lunardini, Federica Marconi, Francesca Maremonti, Paola Tessari; Nicola Bilotta, Daniele Fattibene, Manuel Herrera (ricercatori associati), Franco Passacantando (consigliere scientifico) I progetti in corso includono studi su: economia politica internazionale, governance globale e Non-proliferazione e disarmo |
 | Politica estera dell'Italia Responsabile di programma: Leo Goretti Team di ricerca: Ettore Greco, Filippo Simonelli; Ferdinando Nelli Feroci (consigliere scientifico) Progetti in corso |
L’Istituto produce una media di 100 progetti di ricerca l'anno, oltre 180 pubblicazioni e più di 100 eventi seminariali o convegnistici.
Tutti i progetti sono realizzati in cooperazione con altri istituti italiani o stranieri o nell’ambito di reti di ricerca di varia ampiezza geografica (europee, regionali, transatlantiche e globali).
Attualmente lo IAI fa parte di più di una diecina di network che spaziano su vari settori di ricerca: global governance, nuovo ordine internazionale, sicurezza, politiche europee, e – sul piano geografico – Cina, India, Mediterraneo, Africa subsahariana.
Un numero crescente di attività sono svolte in collaborazione con le istituzioni internazionali. Oltre alla Commissione europea, la Nato, il Seae, l’Esa, l’Eda, l’Osce e il Parlamento europeo.
Intensa e continua anche la collaborazione con le istituzioni nazionali. In particolare, in ambito nazionale, l’Istituto realizza ogni anno una decina di iniziative congiunte con il Ministero degli Esteri e della cooperazione internazionale. Importanti collaborazioni sono realizzate con vari altri ministeri, con la Banca d’Italia e il Parlamento.